Dětské oddělení bylo zřízeno v roce 1938 jako druhé nemocniční oddělení na jižní Moravě (mimo Brno) a umístěno bylo v budově nově postaveného infekčního pavilonu. Jeho prvním přednostou se stal asistent brněnské dětské kliniky doc. MUDr. Alois Palacký. Již v té době mělo oddělení z důvodu izolace některých infekčních onemocnění samostatný rentgen. V roce 1940 získal MUDr. A. Palacký elektrokardiograf Hellige, který zapisoval i fonokardiografické záznamy. Zvláštní péči si vyžádala infekční část dětského oddělení v roce 1942 při velké epidemii záškrtu a spály. Pro lehčí případy bylo zřízeno v letech 1942 – 1945 pomocné infekční oddělení v Baťově zámku v Březolupech.

V prvních letech činnosti dětského oddělení bylo třeba věnovat hlavní péči léčení kojenců a malých dětí s poruchami výživy a se zánětů dýchacích cest. Kromě vlastního léčení byl kladen důraz na pediatrickou osvětu. Jako jedno z prvních na Moravě zavedlo dětské oddělení transfúze krevní plazmy. K dobrým výsledkům léčebně preventivní péče na oddělení přispívaly vlastní výzkumy primáře doc. MUDr. A. Palackého. V oboru elektroforézy bílkovin krevní plazmy podal několik zlepšovacích návrhů, týkající se zejména konstrukce adaptéru na denzitometrické vyhodnocování elektroforetických pásků na Colemanově spektrofotometru. Své výzkumy publikoval v odborném pediatrickém tisku. Od roku 1965 se stalo součástí dětského oddělení i oddělení novorozenecké, které svým vybavením patřilo k nejlepším v kraji.

V roce 1958 oddělení získalo systémovou fotokomoru s doplňkovými zařízeními umožňujícími zhotovovat i mikrofotografické snímky, zvláště hematologické. Pro archivaci snímků byl vytvořen i vlastní systém jejich registrace a identifikace. V roce 1959 byl primář MUDr. A. Palacký z politických důvodů zbaven funkce přednosty oddělení. Stal se obvodním dětským lékařem na zdravotnickém středisku v Kunovicích. V roce 1969 byl rehabilitován a znovu jmenován do funkce primáře. V letech 1960 – 1962 byl přednostou oddělení MUDr. M. Skládaný a v letech 1962 – 1969 MUDr. Helmut Hecht. V roce 1975 se po odchodu doc. MUDr. Palackého do důchodu stal primářem dětského oddělení MUDr. Bohuslav Kaňovský. Primář MUDr. Bohuslav Kaňovský se zasloužil o vybudování sítě obvodních pediatrů v okrese Uherské Hradiště a o vznik a rozvoj odborných dětských ambulancí, jejichž provoz v okresních nemocnicích tehdy ještě nebyl běžnou praxí. Jako jeden z prvních pediatrů u nás použil k léčení meningitid cefalosporiny. V roce 2000 byl jmenován novým primářem dětského oddělení MUDr. Jan Petrželka. Na oddělení byly v posledních 20 letech vybudovány dvě plně vybavené jednotky intenzivní péče, zvládnuta řada moderních vyšetřovacích léčebných postupů (např. pH metrie, ambulantní 24hodinové měření krevního tlaku, ventilační režim u novorozenců CPAP). V provozu zůstaly všechny specializované ambulance a v roce 2004 přibyla i lékařská služba první pomoci pro děti. S mnohaletých předstihem byl zaveden identifikační systém pacientů. Na dětské oddělení pravidelně dochází nemocniční klaun a jako první oddělení v republice se začalo účastnit akce Noc s Andersenem pořádané knihovnou BBB v Uherském Hradišti.